Traitements complexes

Les traitements plus complexes sont réalisés via des scripts lancés en ligne de commande sur le calculateur DATARMOR.

Il s'agit en général de deux types de travaux :

• soumission d'un script exécutant un seul logiciel d'analyse de données : assemblage de reads, recherche de variants, etc.
• soumission d'un pipeline : cette fois-ci, plusieurs logiciels d'analyse seront exécutés en séquentiel et/ou en parallèle.

Le Service de Bioinformatique de l'IFREMER (SeBiMER) gère l'installation, la configuration et la mise à disposition d'une logithèque de plus de 180 outils couvrant une vingtaine de thématiques "bioinfo". Pour l'exécution de pipelines en ligne de commande, l'outil open-source Snakemake est disponible sur DATARMOR.

Le SeBiMER s'occupe également de mettre à disposition sur DATARMOR un ensemble de banques publiques (NCBI, EBI, ...) gérées au moyen du logiciel open-source BeeDeeM.